ログイン時に自動で開始はお勧めの設定です。これをチェックしておけば、 ログインするとアプリケーションが必ず実行されるようになります。
Dock にアイコンを表示は アプリケーションのアイコンを Dock と ⌘Tab メニューに表示するかどうかを切り換えます。変更した場合は、アプリケーションを再起動する必要があります。
メニュバーにアイコンを表示 はメニューバーに Flexiglass アイコンを表示するかどうかを切り換えます。切り換え時にアプリケーションの再起動が必要です。
アップデートの確認を自動で行う は Flexiglass を最新版に保ちます。